Dizi, Fox Mulder (David Duchovny) ve Dana Scully (Gillian Anderson) isimli iki FBI ajanının maceralarını konu almaktadır. Dizide, ajan Fox Mulder ve Dana Scully FBIın X-Files (Gizli Dosyalar) departmanına atanmış iki ajandır. Bu departman çözülemeyen, tuhaf ve paranormal olaylarla ilişkisi bulunan dosyalardan sorumludur. Ajan Fox Mulder, paranormal olaylara ve uzaylı komplosuna "inanan" bir bakış açısı sergilerken, Ajan Dana Scully ise bilimi rehber alan kuşkucu bir tavırla hareket eder.Dolayısıyla, The X Filesda aktarılan olaylar, bu iki ajanın "inanan" ve "kuşkucu" bakış açıları çerçevesinde ele alınır. Böylece ortaya, zekice kotarılmış, izleyiciyi konu üzerinde düşünmeye iten, izlemesi oldukça zevkli bölümler çıkmaktadır.